Prof. Dr. Mustafa Aydın, 1956 yılında Trabzon'da doğdu. İlk, orta ve lise öğrenimini Trabzon'da; lisans eğitimini Kahire Üniversitesinde ve Ankara Üniversitesi Dil ve Tarih-Coğrafya Fakültesinde tamamladı.
Arap Dili ve Edebiyatı alanında mastır ve doktora çalışmalarını tamamlayarak akabinde doçent ve profesör ünvanlarını aldı.
Prof. Dr. Mustafa Aydın; BİL Holding, BİL Kolejleri, BİL Kursları, BİL Yayınları, İstanbul Aydın Üniversitesi ve Kıbrıs İlim Üniversitesini kurmuş ve hâlen bu kurumların başkanlığını yürütmektedir.
Anadolu Eğitim ve Kültür Vakfı (AKEV), Avrasya Üniversiteler Birliği (EURAS), Avrasya Yükseköğretim Zirvesi (EURIE), Akdeniz Üniversiteler Birliği (UNİMED), Uluslararası Üniversite Başkanları Derneği (IAUP), DEİK Kurucu Kuruluş üyesi UFRAD Franchising Derneği, Kurucu Başkanı olduğu DEİK Eğitim Ekonomisi İş Konseyi, DEİK Sağlık İş Konseyi, Avrupa Akdeniz Ülkeleri Sosyal Siyasi Eğitim ve Kültürel Organizasyonu (COPPEM), Dünya Franchise Konseyi (WFC), Asya Pasifik Franchise Konfederasyonu (APFC), Avrupa Franchise Federasyonu (EFF), Türkiye Sigarayla Savaş Derneği (TSSD), Küçükçekmece Kent Konseyi ve daha birçok ulusal ve uluslararası sivil toplum kuruluşunda görev ve Başkanlıkları bulunmaktadır.
Eğitim diplomasisi kavramını ülkemize kazandıran Prof. Dr. Mustafa Aydın öncülüğünde, 2010 yılında DEİK'te "Study in Türkiye" markası ile başlayan, Türkiye yükseköğretiminin dünya çapında tanıtımı ve uluslararası öğrenci hareketliliğinde ülkemizin cazibe merkezi haline gelmesi için yoğun çalışmaları hâlen Hizmet İhracatçıları Birliği-HİB- Başkan Yardımcılığı ve HİB Eğitim Hizmetleri Komite Başkanlığı ile devam etmektedir.
Prof. Dr. Mustafa Aydın tarafından ilk kez uygulamaya konulan mesleki eğitim ve araştırma geliştirme eşit ağırlıklı "Hibrit Model Yükseköğretim Sistemi" ülkemiz yükseköğretim sistemine yeni bir vizyon kazandırmış ve bu çalışması ile Avrupa Üniversiteler Birliği tarafından yeni nesil eğitime örnek model olarak gösterilmiştir.
Azerbaycan, Ukrayna, Romanya, Moldova ve Özbekistan'dan 6 fahri doktorası bulunan Prof. Dr. Mustafa Aydın, hem eğitim hem de sivil toplum alanlarındaki çalışmalarıyla başta Gagavuz Cumhuriyeti Devlet Nişanı, Çin Eğitim Basını Geleceğin Eğitimcisi Ödülü, İslam İşbirliği Teşkilatı İslam Dünyasının En İyileri Ödülü olmak üzere pek çok ulusal ve uluslararası ödüle layık görülmüştür.
İyi derecede Arapça ve İngilizce bilen Prof. Dr. Mustafa Aydın'ın 19 basılı eseri ve 30'a yakın bilimsel makalesi bulunmaktadır.
Kendisini "Doğuştan Eğitimci" olarak nitelendiren, varlığını ülkesine adamış bir eğitim gönüllüsü olan Aydın, evli ve 3 çocuk babasıdır.